怀孕有褐色分泌物可能会流产，但并不是绝对的，需要看引起褐色分泌物的原因，以及处理方法。

怀孕期间出现褐色分泌物，可能是和先兆流产或是宫外孕有关，建议结合B超和血HCG检查，排除宫外孕后及时保胎治疗，只要胚胎发育正常，及时消除导致流产的原因后多数可以保胎成功。如保胎不及时或是胎停了，就可能会导致流产。另外，还要检查是否宫颈炎，或宫颈息肉等妇科病引起的褐色分泌物，如是妇科炎症引起的褐色分泌物，一般抗炎止血治疗后不会导致流产，如出血持续增多也会增加流产发生几率。

孕期有褐色分泌物不能忽视，要尽快检查原因保胎治疗，防止治疗不及时导致流产。