中成药治疗真菌性肠炎也是有效的。中医讲的是辨证施治，根据患者的症状以及患者的体质，通过望、闻、问、切来确定具体的症状。

如确定是热症还是寒症，然后再开出适合患者服用的中成药，可以吃一些复方黄连素片、固肠止泻丸、补脾益肠丸等，在医生的指导下对症服用最关键。

如果中成药治疗效果不太好，考虑应该进行微生物培养加药敏试验，使用抗真菌效果好的药物灌肠治疗以及口服药物治疗，真菌感染的治疗需要的时间长一些。