真菌性肺炎的治疗周期要比细菌性肺炎、病毒性肺炎治疗周期长，一般三至四周或更长时间。

真菌性肺炎随着近些年抗生素的滥用和糖皮质激素等免疫抑制剂的广泛使用，发病率日渐上升。真菌性肺炎通常继发为于肺结核、长期使用糖皮质激素、免疫抑制剂等。某些恶性肿瘤、艾滋病等自身免疫性低疾病的患者，也容易并发真菌性肺炎。

在临床上比较常见的，感染的真菌有白色念珠菌、曲霉菌、烟曲霉菌等。治疗上通常选用抗真菌药物酮康唑、氟康唑、伏立康唑等。