胃肠间质瘤的服药时间要根据病理结果、间质瘤的分期及分级、手术治疗是否彻底等多种因素。如果手术可以彻底切除，就不用终身服药了；如果不能手术治疗，而且是高级别的胃肠间质瘤是需要终身服药的。目前手术切除治疗是胃肠道间质肿瘤首选，并且是唯一可能治愈胃肠间质瘤的方法，早期瘤体较小并且黏膜突出明显者，可以进行镜下肿瘤切除这种切除术创伤性小，但可能会出现胃穿孔，风险较高，一旦出现穿孔，就需要手术修复。另外也可以选择腹腔镜联合电子内镜进行治疗，具有创伤小，恢复快，住院时间短。