甲状旁腺功能减退症的病因大致包括：甲状旁腺激素的生成减少，或者是分泌受抑制，或者是作用障碍三类。生成减少见于特发性的甲旁减，还有家族性的甲旁减。有些患者在甲状腺或者是颈前部手术以后，侵犯到了甲状旁腺，可以出现继发性的甲旁减，还有一些患者可能原本是甲旁亢，术后出现了严重的甲旁减。第二大类就是甲状旁腺分泌受到了抑制，例如像甲状旁腺手术刚切除时，长期被高血钙抑制的甲状旁腺功能不能立刻恢复，而出现暂时性的甲旁减，还有像镁缺乏会使甲状旁腺激素的合成和释放受到障碍。甲状旁腺激素作用障碍的原因包括了一些遗传性的疾病，还有像有些患者的甲状旁腺分泌的无活性的一些甲状旁腺激素，也是甲状旁腺激素功能障碍的原因之一。