脑萎缩伴有头痛主要考虑是以下原因所引起：

1.高血压病，脑萎缩的患者如果血压突然升高，会伴有头痛头部昏沉感，严重的患者会出现恶心、呕吐、视物模糊等症状。

2.偏头痛，当偏头痛发作的时候会出现一侧或双侧颞部搏动性的头痛，对声音和光线等较为敏感。

3.睡眠障碍，脑萎缩的患者如果睡眠障碍，第二天晨起会出现头部胀痛的症状，还会伴有全身乏力、发困等。

4.脑出血，当脑萎缩伴有脑出血的时候，会出现不同程度的头痛、头晕、恶心、呕吐、肢体功能障碍等。