醒来右边肚子隐隐作痛，可能是胆囊炎、胆囊结石、急性阑尾炎、输尿管结石等原因所引起的。

如果疼痛的位置在右上腹，可能是胆囊炎合并胆囊结石所引起，通常伴有呕吐，甚至有发烧等临床表现，做肝胆B超检查就可以明确诊断。如果右边下腹部出现隐痛可能是急性阑尾炎，可伴有呕吐、发烧，按压肚子出现反跳痛等临床表现。输尿管结石如果发生嵌顿，也会造成输尿管的扩张，也可引起右边小肚子出现隐隐疼痛，并且排尿异常的临床表现。

此外，女性盆腔炎、右侧附件炎也可以引起右边下腹出现隐隐作痛，并需要进一步做相关的检查才可以确诊病因。