巧克力囊肿有可能会导致腰痛，比如巧克力囊肿相对比较大的情况下，刺激到后腹膜而引起腰痛。

另外，如果是巧克力囊肿导致周围组织粘连的情况下，也有可能会引起腰痛现象的发生。所以对于巧克力囊肿建议尽快地给予治疗，临床上最好采用手术的方法进行治疗。能够切除局部的囊肿送病理化验，并且在术后定期地去医院复查，也可以在术后给予相应的药物，进行治疗预防复发的可能性。

另外，出现腰痛，除了巧克力囊肿可以导致之外，还有其他原因也会导致腰痛，比如肾结石或者是由于腰肌劳损都可能会导致腰痛症状的发生，所以就建议必要的时候做系统的检查来了解病因。