亚临床甲减的鉴别诊断，要与非甲状腺疾病相鉴别和甲状腺激素不敏感综合征相鉴别。

非甲状腺疾病，一般是有特发性的水肿。多见于成年女性，水肿与炎热气候或月经周期有关，肥胖、非特异性头痛和全身性头痛，自主神经功能紊乱、直立性低血压、肾素活性升高、醛固酮稍高。

其他鉴别需要与各种心脏病，包括：冠心病、心包积液、心肌炎等等，以及慢性肾炎、肾病综合症、肝病，生长激素缺乏、血脂异常、垂体瘤、更年期综合症、肥胖症、不孕症等等。

甲状腺激素不敏感综合症则表现为家族性甲状腺肿，血tt3和tt4是升高的、血tsh升高伴垂体的结节。

亚临床甲减他是表现为ft3，ft4正常，而tsh升高，是可以相鉴别的。