头皮部位的表皮囊肿，想进行根治，只能够考虑局部切除，这种情况的前提就在于局部皮肤没有炎症的情况。

当头皮部位的表皮囊肿出现疼痛以及肿胀，应该先消炎治疗。可以静脉点滴抗生素类，如头孢，或者口服阿莫西林、静脉点滴青霉素都可以。外用药可以选择龙珠软膏、夫西地酸乳膏或者是克林霉素凝胶等。

在进行治疗一周后，炎症控制住，不再有肿胀或者疼痛的情况，可以考虑这个时候去医院里面手术切除，这个属于小手术，半个小时就能够完成。

对于头皮脓肿、发生疼痛，提示炎症的存在，这时候必须要先控制炎症才能考虑进一步的手术治疗，以保证安全。