表皮样囊肿治疗以手术切除为原则，要争取全切除。因为囊肿包膜是生长最活跃的部分，对那些与周围组织粘连较轻的囊肿，尤其是第四脑室的囊肿，可望做到全切除。清除囊肿内容物并避免溢出，同时保护好周围脑组织。

表皮囊肿属良性肿瘤，术后一般恢复良好，如肿瘤能大部切除，一般复发较晚，可延至数年甚至数十年。

近年来现代技术的进步，因为囊肿性质可能更愿意行囊肿次全切除术。