肛肠疾病会导致便秘的。在患有肛裂、痔疮、肛门周围脓肿的肛肠疾病的患者，因为惧怕大便时发生的肛门疼痛、痔核脱出、肛门流血，常有意识的延长排便时间，而逐渐形成了习惯性便秘。

患有肠炎、痢疾等发生腹泻后，常会有一段时间的排粪减弱性便秘。经常服用泻药或者灌肠等，也可以使肠壁的反应性减弱。虽然受到了足够的刺激，也不能适时地排出大便，有时反而使便秘更加严重。

还有一些肠道肿瘤，也能引起肠道的狭窄，使粪便通过受阻，致使粪便在肠道内长时间停留，也可以形成便秘。