小儿偏头痛其临床特点有发作持续时间相对较短，且相对比较频繁。不少病例患儿头痛发作常在一小时内或者是半小时左右。这种偏头痛有时搏动性特点并不突出，虽然头痛为搏动性时更能支持诊断，但是对搏动性的头痛也不能以此排除或否定诊断。

小儿偏头疼在最初开始常为偏侧头疼，随后从一侧向外扩散或具有持续性。有一部分小儿偏头疼患儿，还有伴有肠道症状突出，比如反胃、恶心、呕吐、腹痛等。小儿偏头疼其先兆症状并不多见，尤其年龄小的患儿较难被发现。