藿香正气水中因含有较多的酒精成分，所以这种中药制剂不能和一些常用的头孢菌素类的药物合用。比如头孢呋辛、头孢氨苄、头孢他啶等，还有甲硝唑、酮康唑、替硝唑等这类药物也不能合用。

藿香正气水从中药配伍禁忌上，不能和含有海藻、甘遂、芫花、大戟等这类药物成分的中药或中药制剂共同服用，比如乳癖消颗粒、内消瘰疬丸等。

另外，服用藿香正气水期间还需注意，不能同时服用一些有滋补性的中药或者中成药物，比如人参归脾丸、十全大补丸、龟鹿补肾膏等。