高烧39℃可见于病毒性感染或细菌性感染。

可能与呼吸道疾病有关，如果出现咽痛、咳嗽、打喷嚏、流鼻涕等现象，可能是上呼吸道感染引起。这时可以到医院进行查体，若看到扁桃体肿大、咽部红肿、鼻腔肿胀、充血等情况，则可以证实上呼吸道感染。

如果没有明显的呼吸道症状，但是尿常规当中有白细胞升高的情况，可能与泌尿系统感染有关，同样会导致发烧39℃。

另外，还有消化系统感染，最初可能只有发热症状，随着病情的进展，短时间内即可出现腹泻、恶心、呕吐等。除此之外，变态反应性疾病、结缔组织病、血液系统疾病同样会导致体温39℃。