引起长时间低烧的病因有很多，有时也较为复杂，要注意鉴别其原因。

通常长期低烧常可因感染性疾病引起，特别是结核分枝杆菌感染引起的结核病患者，多伴有长时间午后低热的症状。某些病毒感染也可以引起长时间低烧，例如EB病毒感染、艾滋病等患者。

此外，长时间低烧还见于部分非感染性疾病引起，例如甲亢、免疫系统相关疾病，特别是系统性红斑狼疮，以及血液系统疾病，也可以引起长时间低烧。还要注意排外是否因肿瘤引起长时间癌性发热，此种发热也可表现为长时间低烧。

排外上述相关疾病引起的低烧后，还要注意某些患者可能出现功能性发热，特别是精神心理原因，导致中枢体温调节系统紊乱引起。