用温水清洗肛门，对肛周脓肿的治疗有点帮助。清洗肛门首先可以清洁局部皮肤，减少污染物质的刺激。其次，温水清洗肛门也可以加速局部的血液循环，减轻局部水肿以及疼痛症状，并且也可以增加局部组织的抗感染能力，但对肛周脓肿的治疗帮助并不大。

肛周脓肿还是需要通过手术治疗。手术切开引流也是最佳的治疗方法，可以迅速的缓解局部红肿以及疼痛的症状。

目前大多都实行一次性根治术，在切开脓腔引流的同时将内口一并切开，可以达到一次性治愈肛周脓肿。