胃结核患者可没有临床症状或很轻微，类似慢性胃炎、胃癌，多数疑似溃疡病，可出现腹胀、腹痛，常伴反酸、嗳气、腹痛，与进食没有关系。还有呕吐，多以午后、晚间为重，内容物不含胆汁，潜血可为阴性，伴全身症状，如乏力、体重下降、午后潮热、盗汗等。

食管结核一般病情较轻，临床可无症状，如若病情严重则有发热、疲乏、无力、消瘦及盗汗等全身症状。吞咽功能不一定受到影响。

食管结核可与晚期肺结核并发，或伴有咽喉结核，其食管的症状常被肺部或咽喉的症状所掩盖。此类患者需注意合理饮食，加强营养，忌烟、酒、浓茶、咖啡等刺激性食物。