两次胃镜间隔时间最短在3~5天。一般胃镜检查间隔时间，需依据患者的具体病情，及胃镜检查所致胃黏膜损伤程度决定。

如患者为慢性萎缩性胃炎、肠上皮化生、非典型增生等疾病，需依据情况3~6月复查胃镜。如为胃溃疡、十二指肠溃疡等，则需6~8周后做一次胃镜检查。如为浅表性胃炎等损伤仅在胃黏膜表层，即可1年复查一次。但如果患者自觉症状加重，建议及时前往医院复查胃镜。胃镜检查会导致胃黏膜表层受到一定损伤，胃黏膜细胞会进行自我更新，72小时左右更新一次，胃黏膜恢复完成。

因此理论上胃镜检查如仅损伤胃黏膜表层，则3~5天后即可进行第二次胃镜检查。如胃镜检查需活检导致黏膜肌层或黏膜下层损伤，胃黏膜损伤恢复需4周左右，则需间隔4周左右再行第二次胃镜检查。