由于导致消化不良的病因有很多种，因此对于不同病因引起的消化不良，其治疗方法也不一样，服用的药物也不一样。

1.对于幽门螺旋杆菌感染引起的消化不良，最重要的治疗原则就是抗HP治疗，目前临床上常用的治疗HP的方法是四联疗法，有着根治的作用，效果非常好。

2.对于胃酸过多导致的消化不良，则需要服用抑酸药物，使用抑酸剂对抑制胃酸的过分分泌有明显效果，临床上常用的抑酸剂有H2受体拮抗剂和质子泵抑制剂。

3.消化不良伴有腹胀，食欲不振等症状的患者，可以在治疗原发病的同时使用消化酶抑制剂改善症状。

4.临床实践证明某些消化不良与情绪因素有关，例如焦虑、抑郁，合理使用相关药物对消化不良的治疗也有一定疗效。