先天性胸腺发育不全能否影响寿命，取决于合并的心脏病的严重程度。

先天性胸腺发育不全常合并甲状旁腺及心脏发育不全，若合并心脏疾患会严重影响生活质量及寿命，需要及早手术治疗，预后与心血管疾病严重程度密切相关。若是无合并症或者合并症轻，经过积极的治疗则可以长期存活。

先天性胸腺发育不全患者免疫力低下，可反复出现各种真菌、细菌及病毒的感染，这些都可能会影响患者生活质量及寿命。