肠结核晚期能否治好，与患者是否发生严重的并发症以及使用药物的治疗效果来决定。

大部分肠结核晚期的患者，可以通过积极地使用药物治疗或者手术治疗的方式，提高该疾病的治愈率，改善患者的生活质量，延长患者的生命。

在使用药物治疗的过程当中，一定要合理使用药物，而且要保证充足的药物剂量以及足够的治疗的疗程，要加强营养，不断增强机体的免疫力，可以促进疾病的恢复。考虑到该疾病是一种传染病，因此，还需要坚持隔离治疗的原则。