病毒最怕的是宿主的免疫系统以及能够破坏其结构和功能的外界因素。
从宿主的免疫系统来看，这是一个极为复杂且精密的防御体系。当病毒入侵人体后，首先会遭遇先天免疫系统的抵御。例如，皮肤和黏膜就像坚固的城墙，能够阻挡病毒的入侵。一旦病毒突破这第一道防线进入体内，巨噬细胞等免疫细胞就会像巡逻兵一样识别并吞噬病毒。同时，身体还会启动炎症反应，通过升高体温等方式来抑制病毒的复制，这就是为什么生病时会发烧，发烧在一定程度上是身体对抗病毒的一种策略。而适应性免疫系统则更为精准，B淋巴细胞会产生特异性的抗体，这些抗体能够识别并结合病毒，阻止病毒感染细胞或者标记病毒以便免疫细胞清除。T淋巴细胞则可以直接杀伤被病毒感染的细胞，从根源上杜绝病毒的进一步扩散。
从外界因素而言，许多物质和环境条件都对病毒有抑制或杀灭作用。例如，紫外线具有破坏病毒核酸结构的能力，从而使病毒失去活性。一些化学消毒剂，如含氯消毒剂、酒精等，也能通过破坏病毒的蛋白质外壳或者核酸来达到消毒的目的。在医疗环境中，高温高压灭菌也是常用的手段，这种极端的物理条件能够使病毒的蛋白质变性，核酸断裂，从而彻底消灭病毒。一些药物也能够干扰病毒的生命周期，比如有的药物可以阻止病毒吸附到宿主细胞上，有的则能够抑制病毒在细胞内的复制过程。无论是宿主自身的免疫系统，还是外界的各种不利因素，都对病毒的生存和传播构成了巨大的威胁。
