小儿原发性免疫缺陷病的诊断需结合临床表现和实验室检查，重点评估免疫功能状态。首选检查包括血常规、免疫球蛋白定量、淋巴细胞亚群分析及基因检测，必要时进行疫苗接种反应评估或功能试验。
初步筛查建议进行全血细胞计数，观察中性粒细胞、淋巴细胞数量是否异常。免疫球蛋白定量IgG、IgA、IgM、IgE可判断体液免疫缺陷，若水平显著降低需进一步排查。淋巴细胞亚群分析如CD3、CD4、CD8、CD19、NK细胞帮助识别T细胞、B细胞或联合免疫缺陷。基因检测对明确特定基因突变如BTK、IL2RG等有决定性意义，尤其家族史阳性者。对于反复感染但常规检查正常者，可进行疫苗接种后抗体滴度测定如破伤风、肺炎球菌疫苗，评估特异性免疫应答能力。部分复杂病例需中性粒细胞功能试验如DHR123或补体活性检测。
检查需注意年龄特异性，新生儿与婴幼儿免疫指标参考范围不同，避免误判。采血前避免近期输血或丙种球蛋白治疗，以防干扰结果。基因检测前建议遗传咨询，明确检测范围及意义。部分激发试验如迟发型超敏反应皮试存在风险，需谨慎操作。检查结果需结合临床，部分非典型病例需动态随访。早期诊断对预防严重感染及靶向治疗至关重要，但需避免过度检查，合理选择项目。
