重症肌无力病人应优先选择对神经肌肉接头无影响的抗生素，如大环内酯类阿奇霉素、克拉霉素和喹诺酮类左氧氟沙星、莫西沙星。青霉素类阿莫西林和头孢菌素类头孢曲松也相对安全。氨基糖苷类庆大霉素、四环素类多西环素以及林可酰胺类克林霉素需谨慎使用，因其可能加重肌无力症状。
重症肌无力的核心病理是神经肌肉接头传递障碍，与乙酰胆碱受体抗体介导的自身免疫反应相关。部分抗生素可能干扰突触前膜乙酰胆碱释放或突触后膜受体功能，例如氨基糖苷类通过抑制钙离子内流减少乙酰胆碱释放，而四环素类具有类似箭毒样作用。大环内酯类和喹诺酮类虽偶见个案报道引发肌无力加重，但总体风险较低。青霉素及头孢类药物因不直接影响神经肌肉传导，通常被视为安全选择。若必须使用高风险抗生素，需密切监测呼吸肌力和吞咽功能，备好胆碱酯酶抑制剂如新斯的明及呼吸支持设备。
使用抗生素前需详细评估感染类型、病原体及药物敏感性，避免不必要的广谱抗生素。重症肌无力患者合并感染时，原发病可能因应激反应恶化，需同步调整免疫抑制剂如糖皮质激素剂量。急诊手术或重症感染时，若必须使用高风险抗生素，建议在神经内科医师指导下联合使用血浆置换或静脉免疫球蛋白。长期使用抗生素可能诱发二重感染，需定期复查微生物培养。药物相互作用也需警惕，例如喹诺酮类可能增强非去极化肌松药效果，围术期应调整剂量。
