前列腺支原体感染的用药主要为抗生素。
支原体是一种没有细胞壁的微生物，所以作用于细胞壁的抗生素如β-内酰胺类抗生素如青霉素、头孢菌素等对其无效。治疗前列腺支原体感染常用的抗生素有大环内酯类、四环素类和喹诺酮类。大环内酯类抗生素如阿奇霉素，能够抑制支原体蛋白质的合成，从而起到抗菌的作用。阿奇霉素的组织渗透性较好，在前列腺组织中能够达到有效的药物浓度。一般采用口服给药的方式，具体的用药剂量和疗程需要根据病情的严重程度来确定。
四环素类抗生素如多西环素也是常用药物之一。多西环素可以特异性地与支原体的核糖体结合，阻止其进行蛋白质合成，进而抑制支原体的生长繁殖。在使用多西环素时，要注意其可能的不良反应，如胃肠道反应，包括恶心、呕吐、腹痛等，还有可能影响牙齿和骨骼的发育，所以孕妇、哺乳期妇女和8岁以下儿童一般禁用。喹诺酮类抗生素如左氧氟沙星，通过抑制细菌DNA旋转酶细菌拓扑异构酶Ⅱ的活性，阻碍细菌DNA复制，达到杀菌、抗菌的作用。但近年来由于喹诺酮类药物的广泛使用，支原体对其耐药性有逐渐增加的趋势，所以在使用前如果能进行药敏试验是比较理想的，可以提高治疗的有效性。同时，在治疗前列腺支原体感染期间，患者应避免性生活，以免交叉感染，并且要注意个人卫生，保持良好的生活习惯，如戒烟限酒、避免久坐等，这有助于病情的恢复。
