石菖蒲和臭菖蒲的区别在于形态特征不同、药用部位不同、性味归经不同、功效主治不同、使用禁忌不同。具体分析如下：
1.形态特征不同：石菖蒲植株较矮小，叶片细长且质地较硬，根茎呈扁圆柱形，表面有明显的环节和纵纹，气味芳香。臭菖蒲植株较高大，叶片宽而柔软，根茎粗壮且无明显环节，气味较为刺鼻。
2.药用部位不同：石菖蒲以干燥根茎入药，通常切片或研粉使用。臭菖蒲则以新鲜或干燥的全草入药，有时单独使用叶片或根茎，但整体药用价值较低。
3.性味归经不同：石菖蒲性温，味辛、苦，归心、胃经，具有开窍醒神的作用。臭菖蒲性平，味辛、微苦，归肺、脾经，功效较弱且多用于外治。
4.功效主治不同：石菖蒲主治痰湿蒙蔽清窍所致的神志不清、健忘失眠，还能化湿和胃。臭菖蒲多用于外用消肿止痛，或治疗皮肤湿疹，内服效果有限且可能引起不适。
5.使用禁忌不同：石菖蒲阴虚血热者慎用，过量可能引起燥热。臭菖蒲因气味刺激，内服易导致恶心呕吐，孕妇及体弱者禁用。
石菖蒲和臭菖蒲虽名称相近，但在临床应用上差异显著。石菖蒲是传统开窍药，而臭菖蒲多作为辅助外用药。两者不可混淆，需根据具体症状和体质选择，避免误用引发不良反应。
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