身体多个部位都可能会长结石，常见的有肾脏、胆囊、膀胱、输尿管等部位。
肾脏是结石的高发部位之一。肾脏的主要功能是过滤血液形成尿液，当尿液中的某些物质，如钙、草酸、尿酸等浓度过高时，就容易析出结晶，这些结晶在肾脏内逐渐聚集就可能形成肾结石。肾结石的形成与多种因素有关，例如饮食结构不合理，摄入过多富含草酸的食物如菠菜等或者高钙食物且饮水过少，导致尿液中钙和草酸的浓度过高，增加结石形成风险。另外，一些代谢性疾病，像甲状旁腺功能亢进，会使血钙升高，也容易引发肾结石。
胆囊也是结石容易出现的部位。胆囊主要储存和浓缩胆汁，胆汁中的胆固醇、胆色素和钙盐等成分比例失调时，就可能形成胆囊结石。例如，长期高脂肪、高胆固醇饮食，会使胆汁中的胆固醇含量过高，容易析出形成结石。而且胆囊收缩功能减退，胆汁排空不畅，也有利于结石的形成。
膀胱结石的形成往往与下尿路梗阻、感染等因素有关。男性前列腺增生导致尿路梗阻，使得尿液在膀胱内潴留，尿液中的一些物质就容易沉淀形成结石。同时，膀胱内的细菌感染会改变尿液成分，促使结石形成。输尿管结石则大多是由肾脏结石下移而来，当肾结石在排出过程中受阻于输尿管狭窄处时，就会停留在输尿管内逐渐增大形成输尿管结石。
