三七茎呈圆柱形，表面多为绿色或紫红色，带有纵向棱纹，质地脆嫩易折断。茎部通常直立生长，高度在20-60厘米之间，分枝较少，顶端簇生掌状复叶，茎节处可见环状托叶痕。新鲜茎秆断面常渗出淡黄色汁液，干燥后茎皮会呈现纤维状剥离特征。
三七茎的形态与其生长阶段密切相关。幼苗期茎秆纤细柔软，随着植株成熟逐渐木质化，基部直径可达0.5-1厘米。茎表面分布着稀疏的白色短绒毛，尤其在幼嫩部位更为明显。茎内部中空结构明显，横切面可见放射状排列的维管束。在云南文山等主产区，茎秆的紫红色程度常被作为判断皂苷含量的参考指标之一，颜色越深通常表明活性成分积累越多。雨季生长的茎秆节间较长，而旱季生长的茎秆节间紧凑，这种特征对判断采收时机具有参考价值。
接触新鲜三七茎时需注意其汁液可能引起皮肤过敏反应。茎秆表面的棱纹数量与品种相关，五加科植物特有的茎纹是鉴别真伪的重要依据。栽培过程中茎秆出现异常弯曲或斑点，可能提示根腐病或炭疽病感染。药用时多采用两年生以上植株的茎基部，该部位皂苷类物质浓度较高。茎秆采收宜在晴天进行，避免潮湿状态下操作导致有效成分流失。茎皮与髓部的比例会影响药材粉碎效果，加工时需根据用途调整处理工艺。
