汉坦病毒感染后的死亡率因病毒类型、患者个体差异如年龄、基础健康状况等以及医疗救治条件等因素而有所不同，总体死亡率在5%-15%左右。
汉坦病毒感染可引起肾综合征出血热HFRS和汉坦病毒肺综合征HPS等疾病。在肾综合征出血热中，如果患者能早期诊断并得到及时有效的治疗，死亡率可以控制在较低水平。轻症患者可能仅有发热、头痛、腰痛等类似感冒的症状，经过适当的对症处理和支持治疗后可痊愈。重症患者可能出现休克、出血、急性肾衰竭等严重并发症，这会显著增加死亡风险。例如，一些患者可能因大量出血无法控制，或者肾衰竭导致体内代谢废物无法排出、水电解质紊乱等情况而危及生命。
对于汉坦病毒肺综合征，其病情往往进展迅速，患者可快速出现呼吸窘迫综合征，肺部出现弥漫性的病变，导致呼吸功能衰竭。由于这种疾病的发病机制较为复杂，目前针对特效治疗手段相对有限，所以一旦发展到严重阶段，死亡率相对较高。在一些医疗资源相对匮乏的地区，患者可能无法及时获得如血液透析、机械通气等关键的生命支持治疗，这也会导致死亡率上升。
