鼻窦炎有一定自愈可能，但具体取决于病因和严重程度。急性病毒性鼻窦炎通常可在一到两周内自行缓解，而细菌感染或慢性鼻窦炎通常需要医疗干预。自愈的前提是免疫系统功能正常且未出现严重并发症。
鼻窦炎的自愈机制与鼻腔黏膜的自我修复能力密切相关。当由普通感冒病毒引起时，鼻腔黏膜肿胀会随着病毒感染的控制逐渐消退，纤毛运动功能恢复后，分泌物可正常排出。轻度细菌性鼻窦炎在免疫系统作用下也可能自愈，但概率低于病毒性。过敏性鼻窦炎若脱离过敏原并配合生理盐水冲洗，症状可能自行缓解。慢性鼻窦炎因存在持续性的黏膜增厚或息肉样变，自愈可能性显著降低。解剖结构异常如鼻中隔偏曲导致的鼻窦炎，不经手术矫正难以彻底痊愈。
观察期间需警惕病情恶化迹象。持续超过10天的浓黄鼻涕伴随头痛发热，提示可能存在细菌感染需抗生素治疗。出现视力改变、剧烈头痛或颈部僵硬需立即就医，可能预示颅内并发症。糖尿病患者、免疫功能低下者及儿童群体不建议等待自愈。日常护理可用生理盐水鼻腔冲洗，保持空气湿润，避免用力擤鼻。吸烟和接触污染物会延缓康复。慢性鼻窦炎患者每年发作超过4次，或CT显示窦腔浑浊超过12周，应考虑手术治疗。自行用药需谨慎，减充血喷雾连续使用不超过3天，避免反跳性鼻充血。
