尿是深褐色且尿痛可能是泌尿系统感染、泌尿系统结石、泌尿系统肿瘤、横纹肌溶解综合征、药物副作用等原因导致的。具体分析如下：
1.泌尿系统感染：泌尿系统受到细菌、真菌等病原体侵袭时，炎症刺激可导致黏膜充血、出血，使尿液颜色变深褐色，同时炎症刺激尿路组织会引起尿痛。常见的如膀胱炎、尿道炎等。患者通常还伴有尿频、尿急等症状。日常要注意个人卫生，增加水分摄入，促进排尿，必要时使用抗生素进行治疗。
2.泌尿系统结石：结石在泌尿系统内移动时，可能划伤尿路黏膜，导致出血，使尿液呈深褐色，并且结石刺激尿路会引发尿痛。结石的形成与代谢异常、尿路梗阻等因素有关。患者可能会出现腰腹部绞痛等症状。小的结石可通过多饮水、多运动促进排出，较大的结石往往需要体外冲击波碎石或手术取石等治疗。
3.泌尿系统肿瘤：肿瘤组织生长迅速，表面的血管容易破裂出血，血液混入尿液中可使尿液变为深褐色。肿瘤侵犯尿路组织时会引起尿痛。肾肿瘤、膀胱肿瘤等都可能出现这种情况。患者可能还伴有消瘦、乏力等全身症状。通常需要进行手术、化疗、放疗等综合治疗。
4.横纹肌溶解综合征：剧烈运动、挤压伤等因素可导致横纹肌溶解，肌红蛋白释放到血液中，经过肾脏排泄时可使尿液呈深褐色。肌红蛋白对肾脏有损伤作用，可引起尿痛等泌尿系统症状。患者可能会出现肌肉疼痛、无力等表现。需要针对病因进行治疗，如纠正电解质紊乱、碱化尿液等。
5.药物副作用：某些药物在体内代谢过程中可能影响尿液颜色，如利福平、大黄等，同时这些药物可能对尿路有一定刺激，导致尿痛。在使用这些药物时如果出现这种情况，需要及时告知医生，医生会根据具体情况决定是否调整药物剂量或更换药物。
如果出现尿是深褐色且尿痛的情况，应及时就医，进行尿液常规、泌尿系统超声等相关检查，以明确病因，尽早进行针对性的治疗，避免延误病情，导致更严重的后果。
