便秘主要应该检查肠道，但有时也可能需要对胃部进行相关检查。
肠道是粪便形成和排出的主要场所。便秘可能是由于肠道的蠕动功能异常、肠道结构改变或者肠道内存在病变等因素引起的。例如，肠道神经肌肉病变可导致肠道蠕动减慢，像先天性巨结肠患者，肠壁神经节细胞缺如，使得病变肠段持续痉挛，粪便淤滞于近端结肠，不能顺利排出。肠道息肉、肿瘤等占位性病变，可能会阻塞肠腔，影响粪便的正常通行。所以，针对肠道的检查，如结肠镜检查，可以直接观察肠道黏膜的情况，发现是否存在炎症、息肉、肿瘤等问题；直肠指诊可以初步判断直肠有无病变，如痔疮、直肠肿物等；肠道传输试验能够了解肠道的蠕动功能是否正常等。胃部的一些疾病也可能间接影响肠道功能从而导致便秘。例如，胃轻瘫患者，胃部排空延迟，食物在胃内停留时间过长，可能会影响整个消化系统的节律，进而影响肠道的正常蠕动，导致便秘。所以在某些情况下，也需要对胃部进行检查，如通过胃镜检查来查看胃部是否存在病变。
在进行便秘相关检查时，要注意检查前的准备工作。如果是进行结肠镜检查，通常需要提前进行肠道准备，如口服泻药清洁肠道，以保证检查时视野清晰。检查前要告知医生自己的病史、用药史等信息，以便医生准确判断病情。如果是女性患者，要注意避开月经期进行肠道检查。同时，检查过程中要放松心情，积极配合医生的操作。
