初潮后第二次月经是褐色可能是生理性变化、荷尔蒙波动、轻度感染、子宫内膜异位症、流产风险等原因引起。具体原因建议到医院检查，查明原因之后遵医嘱治疗。具体分析如下：
1.生理性变化：初潮后，身体正在经历一系列的生理变化，月经周期尚未稳定，可能会出现褐色分泌物。这通常是由于子宫内膜剥落不完全，导致血液在体内停留时间较长而变色。此时，保持良好的生活习惯，定期观察月经情况，通常不需要特别处理。
2.荷尔蒙波动：青春期的女孩体内荷尔蒙水平波动较大，可能导致月经颜色和流量的变化。荷尔蒙的不平衡可能使得子宫内膜的生长和脱落不规律，出现褐色月经。建议定期进行体检，必要时咨询医生进行激素水平检测，以便及时调整。
3.轻度感染：如果伴随异味或不适，可能是轻度感染的表现。感染可能导致阴道分泌物颜色变化，出现褐色月经。保持良好的个人卫生，避免不洁性交，若症状持续，建议及时就医，进行相关检查和治疗。
4.子宫内膜异位症：子宫内膜异位症可能导致月经不规律和颜色变化，通常伴随疼痛。此病症需要专业的医疗评估，可能需要影像学检查或内窥镜检查。治疗方案可能包括药物治疗或手术，具体需根据医生的建议进行。
5.流产风险：如果月经褐色且伴随腹痛，可能提示早期流产的风险。此时应立即就医，进行超声检查以确认妊娠情况和子宫内膜状态。根据医生的判断，可能需要进行相应的处理和监测。
在经历初潮后的月经变化时，保持良好的生活习惯和饮食，注意身体的变化，定期进行健康检查，及时与医生沟通，确保身体健康。若出现异常症状，如剧烈疼痛、持续不适或月经周期严重不规律，应尽早就医，避免延误病情。
