首先是体液免疫反应筛查的检查方法，可以检测血清中的IGG、IGA、IGM的测定，宜同时测定血清、白蛋白，以除外低蛋白血症所引起的患者，

第二个是血清IGG正常或者偏低而且又高度怀疑有体液免疫缺陷者，可以测定血清的IGG亚类，低于本地区同龄儿童正常值的两个标准差者，应该怀疑为免疫功能低下，

第三个检查是血清的IGG以及其亚类值正常，而又高度怀疑有抗体缺陷者，应该测定特异性抗体以及抗体反应，

第四是周围血B淋巴细胞的计数，对于细胞免疫功能的测定也有几种方法，

第一是延时性皮肤超敏反应，常用的皮试抗原是结核菌素、念珠菌液、毛鲜菌液、腮腺炎病毒、破伤风、白喉毒素等，

第二个检查是周围血T淋巴细胞计数，

第三是体外T淋巴细胞功能试验，

第三大类检查是补体的测定，包括血清，总补体溶血活性，单个补体成分和补体调节因子的测定，

第四是吞噬细胞功能的测定，包括周围血中性粒细胞的计数和形态观察，

第五是其他的检测，包括血常规，血常规中淋巴细胞绝对计数小于一乘十的九次方每升，除外，继发性因素后，提示严重联合免疫缺陷病或者胸腺发育不全，

第二是骨髓检查，可以除外其他血液系统疾病，并且了解浆细胞和前B细胞数量，

第三是进行直肠和小肠的活检，免疫组化检查直肠组织浆细胞和淋巴亚细胞有助于常见变异型免疫缺陷病和选择性IGA缺陷病的诊断，

第四可以做淋巴结活检，

第五是X射线检查，对于六个月以内的婴幼儿缺乏胸腺因，提示胸腺发育不良，

第六是基因诊断，经过初筛诊断为原发性免疫缺陷病的患者，有条件者应对已明确基因突变或者缺失的疾病进行基因学诊断，这样有助于产前诊断和遗传学咨询。