免疫缺陷病的并发症首先是容易出现感染，它对各种感染的易感性增加，是免疫缺陷最主要、最严重和最为常见的表现和后果，感染也是患者死亡的主要原因，患者的年龄越小感染的频率也越高，病情也越严重，感染也可以表现为反复或者持续的，急性的或者慢性的，两次感染之间没有明显的间隙，感染的部位以呼吸道最为常见，感染的性质主要取决于免疫缺陷的类型，如体液免疫吞噬细胞和补体缺陷式的感染，主要由化脓性细菌如葡萄球菌、链球菌和肺炎双球菌的引起，临床表现为气管炎、肺炎、中耳炎、化脓性脑膜炎和脓皮病等，细胞免疫缺陷式的感染主要由病毒、真菌、胞内寄生菌和原虫等引起，第二个并发症是恶性肿瘤，据世界卫生组织报告，原发性免疫缺陷病以T细胞免疫缺陷者恶性肿瘤的发病率比同龄正常人群要高一百到三百倍，以白血病和淋巴系统肿瘤居多，第三个并发症是伴发自身免疫病，原发性免疫缺陷者有高度伴发自身免疫性疾病的倾向，正常人群自身免疫疾病的发病率约为0.001%—0.01%，而免疫缺陷者可以高达14%，以系统性红斑狼疮、类风湿关节炎以及恶性贫血等较为多见，第四个并发症是多系统受累和症状的多变性，在临床和病理表现上，免疫缺陷是高度抑制性的，不同免疫缺陷由免疫系统的不同组分缺陷引起，因此症状各异，而且同样疾病不同的患者表现也可以不同，免疫缺陷时可以累积患者的呼吸系统、消化、造血、内分泌系统和骨关节系统、神经和皮肤黏膜等系统 ，并且出现相应的功能障碍等症状。