从理论上甲状舌管囊肿本身有一定发生癌变概率，但实际上在日常临床工作中，遇到的甲状舌管囊肿癌变极为罕见，并不是没有，是很罕见。大多数甲状舌管囊肿是以感染症状为主，如果不及时治疗，继发感染以后会出现红肿热痛的症状。如果甲状舌管囊肿发生癌变，一般最常见的是癌变为乳头状癌，其次是滤泡状癌和鳞状细胞癌。

甲状舌管囊肿癌变与一般的良性甲状舌管囊肿可能很难进行区别，多数情况下表现为肿物迅速增大，触诊比较硬。通过X线检查发现一些实质性的病变，跟周围有浸润性增长，通过这些大概能够确认或者能够怀疑是不是有癌变。

但真正最后确定诊断一定是手术做完以后，通过组织病理学的诊断进行确诊。一般甲状舌管囊肿的癌变，发生率很低，恶性程度并不高，只要根治性的手术切除，大多数预后还是比较好的。