甲状舌管囊肿通常是不会发生癌变的。

甲状舌管囊肿是指胚胎期间甲状舌管闭合不全存在残留，导致先天发育异常，是一种良性的囊性病变，通常是不会发生恶变的。但是这种疾病有可能会发生感染，在感染严重出现长期瘘管时，则有可能出现癌变。

如果已经出现红肿疼痛等一些感染症状时，首先应当进行抗感染治疗，保持表面清洁。

如果已经形成脓肿，则应当通过手术的方法将其切开引流，感染控制住后再进行手术治疗，以防止疾病复发。