甲状舌管囊肿是可能会对免疫力有影响的。

甲状舌管囊肿主要是由于在胚胎发育时期，甲状舌管退化不完全造成的。甲状舌管囊肿容易导致异位甲状腺的发生，异位甲状腺容易引发甲状腺功能发生减退，影响甲状腺激素的正常分泌。而甲状腺激素具有促进新陈代谢和发育、提高神经系统的兴奋性等作用，因此一旦甲状腺激素分泌异常，就很可能会对人体的免疫力造成影响。

甲状舌管囊肿除了会影响人体的免疫力以外，还有可能会发生癌变，因此一旦患病后，需要及早进行手术切除。