肛门肉球肿痛，先要去医院肛肠科就诊，完善相关检查，明确诊断，采取药物治疗或手术治疗。因为不同的疾病选择的治疗方式是不相同的。

如果肛门的肉球是痔疮，可以用清热解毒的中药用水稀释后局部坐浴，再在肛外涂抹痔疮膏、肛内塞痔疮栓，口服化痔胶囊、痔康片等药物，起到消炎、消肿、止痛的作用，能够促进肉球慢慢变小，达到治愈效果。如果经过药物治疗效果不好，可以采取手术治疗。

如果肛门的肉球是肛门恶性肿瘤，要根据肿瘤的分期，采取相应的治疗方法。大多需要手术治疗，术后再给予靶向药物和免疫治疗。