导致龟头长水疱的原因不同，处理方法也不相同。如果龟头上长水疱为过度手淫所引起，应当戒除手淫，并且注意龟头部位的清洁与干燥，在必要时还可使用碘伏对局部进行消毒处理，在一周左右后，水疱可自动消失。

如果患者存在不洁的性生活，龟头上水疱可能是疱疹病毒所引起，在确诊以后可通过使用一些抗病毒的药物进行治疗。在此期间应避免性生活，防止出现交叉感染。

如果龟头长水疱为包皮龟头炎所引起，在确诊后可外涂红霉素软膏、氟康唑软膏等药物进行针对性治疗。