龟头上长疱，首先应考虑可能是由于龟头部位长期受到机械性、化学性刺激，或者是受到过度摩擦所引起。比如经常用刺激性的溶液对龟头局部进行清洗，或者是频繁过度手淫，对龟头造成过度刺激，都容易导致龟头部位出现小水疱。

有可能为疱疹病毒感染所引起。当龟头部位受到疱疹病毒感染后，可在龟头局部长有较多的小水疱，而且伴有难以忍受的痒、痛症状，通常为不洁的性行为而引起的感染。

另外，还可能为龟头炎所引起。常见于滴虫、细菌、真菌等病原菌感染，除了龟头部位长有小水疱以外，还可伴有龟头局部红肿、红斑等表现。