衣原体尿路感染做尿液常规检查，不能准确检查出来。但是，该项检查可作为诊断依据之一。确切的诊断还需要衣原体细胞培养、细胞学等方式检查。

结合相关检查提示明确衣原体感染后，可给以大环类脂类药物抗炎治疗，可首选阿奇霉素药物，规范用药3~4周，需要再次复查。

由于该致病菌可通过性行为导致性伴侣被感染，在未完全治愈的情况下，暂不要安排性生活。治愈后的3个月，一旦是有性生活安排，需要全程戴上避孕套保护。三个月后再次复查，检查未发现致病菌，视为完全治愈。