对于衣原体尿路感染均是由于外界的衣原体从尿道逆行入到膀胱以及泌尿系统当中，从而导致衣原体尿路感染，如外界的衣原体从尿道外口进入一直侵犯前尿道后尿道以及膀胱，会导致衣原体感染的存在，因此，对于此类感染必须及时去泌尿外科进行就诊检查聚合酶链式反应pcr或者通过培养来确定是否有衣原体感染，导致对于免疫力低下的患者以及进行过尿道逆行操作。如进行膀胱镜检查或者进行输尿管镜碎石，那么有可能是由于医源性因素导致感染。

上述因素都是引起衣原体尿路感染的原因。