衣原体尿路感染主要是同支原体尿路感染相鉴别，以及普通细菌感染导致的尿道炎和淋病奈瑟菌感染导致的尿路感染相鉴别，淋病奈瑟菌感染会发现尿培养当中有典型的淋病奈瑟菌，而普通细菌感染，比如大肠埃希菌或者葡萄球菌等，都有可能会有助于鉴别诊断。而对于衣原体和支原体，可以通过pcr也就是聚合酶链式反应，有助于鉴别，以及衣原体通过细胞培养和细胞学检查会发现有包涵体，而支原体可以进行分离培养，如果发现支原体阳性，就可以进行确诊。