深夜出现咳嗽的原因有很多，其中主要见于过敏性咳嗽、消化系统疾病引起的咳嗽，也可能与心源性疾病有关。

过敏性咳嗽主要见于变异性咳嗽，发病原因与吸入致敏物有关，典型的表现是持续干咳。消化道疾病中的胃食管反流，会因为胃酸的反流而造成干咳现象，改变体位或者服用抑酸及胃动力药物治疗后，咳嗽症状可以缓解。

心功能衰竭的患者由于夜间平睡后回心血量增加，肺淤血症状会加重，心脏的负荷加重，从而诱发咳嗽症状。