深夜经常咳嗽，可能心功能不全有关，同时还有可能会伴随双下肢水肿、无法平卧、阵发性呼吸困难以及咳粉红色泡沫样痰的症状。特别是患有冠心病、糖尿病、高血压等基础疾病的患者，更要警惕心功能不全，需要尽快到医院完善心脏彩超、心电图等相关检查。

这种情况也有可能与呼吸系统疾病有关，比如咳嗽变异性哮喘，特别是夜间气温较低，空气过于干燥，如果空气中漂浮一些尘螨，更容易使气道敏感，因此会出现咳嗽的症状，该病非常容易被忽略，因此容易出现长期咳嗽不愈的现象。

除此之外，支气管扩张、肺部感染、支气管炎、急慢性咽喉炎，都有可能会在深夜出现咳嗽的症状。