宫颈囊肿和巧克力囊肿是不一样。宫颈囊肿是属于生理现象，发生的位置是在宫颈上不属于疾病，因为宫颈囊肿是什么都不会影响，也不会造成任何的症状出现，也不会导致宫颈癌前病变或者宫颈癌。

巧克力囊肿是发生在卵巢的位置，属于一种子宫内膜异位病疾病。巧克力囊肿常常是需要手术治疗，有的巧克力囊肿是会逐渐的损害卵巢的功能，所以，发现有卵巢巧克力囊肿，无论体积大小都是应该尽早的完成生育，否则将来患有不孕症的几率就会越来越大。