巧克力囊肿如果没有症状，没有影响，怀孕的情况下不算严重。如果一名妇女有了巧克力囊肿，痛经的症状非常严重，渐进性加重，有可能会导致月经不正常，严重的情况下会导致不孕不育，这种情况就比较严重了。

这种情况也就是子宫内膜异位症，异位在卵巢就形成囊液如巧克力液一样，所以，叫巧克力囊肿。如果手术治疗，很容易伤害卵巢功能，影响正常怀孕。

近年来治疗巧克力囊肿的最简单有效的方法是，无痛可视针吸抽液治疗法，也就是把巧克力液抽出来注入硬化剂进行治疗。