巧克力囊肿和黄体囊肿形成的原因不一样，巧克力囊肿是逐渐形成的，需要一个日积月累的过程是因为子宫内膜异位症，随着月经周期发生规律性出血，但血液不能排泄出来，时间长了会越来越大，形成所谓的巧克力囊肿，正常黄体是囊性结构，可使卵巢略增大。若囊性黄体持续存在或增长或黄体血肿含血量较多，血液被吸收后，均可致黄体囊肿。由于囊肿持续分泌孕激素，常使月经周期延迟。若囊肿破裂可出现腹痛及阴道流血而与异位妊娠破裂极为相似。